四川省医药产业从整体上来看，存在着企业规模普遍较小；小企业数量多、仿制产品多；科技水平、管理水平和生产效率较低等问题。具体分析，四川省医药产业面临的挑战与威胁可以概括为六个方面：

　　1、医药企业竞争更加激烈

　　加入WTO后，越来越多的国外企业到中国投资设厂，当然也会有更多企业涌入四川。跨国公司的进入，带来了市场化的经济运行方式，有益于加强医药市场的规范化，提高医药市场的集中度。但是，跨国公司的进入同时也使各医药企业间的竞争更加激烈。
　　四川省现有医药企业由于规模、管理、技术等方面的限制，还难以与国际制药企业在同一个领域直接竞争。而且，四川现有的医药企业发展也不很均衡，存在很多小型医药企业。此外，四川省当前的制药企业中存在很大份额的民营企业。民营企业虽然发展较快，但在发展初期劳动生产率一般较低，而且各个民营企业一般单兵作战，彼此之间缺乏合作，没有形成整体合力。所以，在激烈的竞争中，四川省医药企业势必有一个重新整合的过程，从投资者的角度看，这也许意味着更多的进入四川医药市场的机会。

　　2、新药研制与开发能力相对较弱

　　（1）西药新药的研制与开发方面
　　我国医药行业整体研发能力较弱。目前我国所生产的化学药缺乏自主知识产权，其中97％为仿制药，在国际竞争中处于不利地位。同样，四川省医药新产品的开发也以仿制品种为主，创新药品研制开发能力较弱，新药成果转化和生产的经济效益也较弱。
　　（2）中药新药的研制与开发方面：
　　全球范围内，中药的知识产权保护力度较差。目前中药知识产权在国内的保护主要依靠行政保护(如行政法规、新药保护、中药品种保护等)，而在境外或国外，由于文化认知和法律体系的差异，中药知识产权保护难以保障。某些品种即便通过严厉的技术审评壁垒，通过国外贸易保护的障碍，进入国际医药主流市场，由于缺乏足够的保护策略与对策，也难以站稳市场。知识产权保护力度弱，势必造成国内中药研发动力不足。
　　从另一个角度来看，中药研发作为未来医药产业发展的趋势之一，虽然目前面临知识产权保护和进入国际市场的壁垒，但同时也存在机遇，即先进入中药研发领域的企业往往可以将企业内部标准转化为行业标准；同时更重要的机会是可以参与制定中药研发领域的游戏规则，从而从根本上引导行业发展，在竞争中处于有利位置。

　　3、中药打入国际市场需要进一步加强

　　由于国内中药市场需求高速增长，中药产品销售情况良好，企业往往更多地关注国内市场，对产品出口重视不够。同时，四川省开放的时间滞后于沿海地区，企业国际化经营意识还不够强，尚没有将国际市场作为突出的发展重点。此外，四川省医药产业存在出口渠道和机构的低水平重复建设问题，四川省政府已经开始重视医药产品的国际化营销问题，并正在着手建立完善的配套服务，建立支持企业产品出口的服务平台。
　　同时，近年来中药在国际上虽然受到越来越多的认可，但毕竟有很多国家对中药尚未予以完全认同和接受，而且很多国家还针对中药进口制定了准入壁垒。因此中药进入国际主流医药市场尚需时日。但是，由于中国以及世界华人圈本身就是一个巨大的中药消费市场，因此中药并不应成为跨国资本投资的禁区。借鉴中国研发青蒿素的优秀范例，在中药现代化的进程中，以发达国家已经使用的植物药作为先期出口的产品，极有可能是未来的发展方向。
　　此外，投资者可以考虑在国际领域积极参与中药作为治疗药物地位的规则制定，以四川这一重要的中药基地为合作方，融入世界植物药发展的趋势当中。

　　4、各方面优势尚需整合

　　目前，四川具有的资源优势、产业优势、科研优势和市场优势还没有充分整合，整体效用没有发挥出来。主要体现在资源优势向医药工业竞争优势的转化需要进一步加强，产业优势与商贸优势的联动性需要进一步加强，科研优势与产业优势的结合度需要进一步提高，产业链关联度需要进一步提高等方面。
　　投资者是否能得到预期受益，得以长足发展，需要具备核心竞争力，更需要充分利用当地的行业资源。由于四川省医药企业的资源整合度较低，产业链在各环节在转化和结合上尚处于初级阶段，因此新的投资者将会在资源整合、产业重组中寻找到更多的机会。如四川省已从植物中分离和提取的分子结构清楚的有效成份有20多个，已有多个获得发达国家的技术专利，临床前研究结果令人鼓舞，如果跨国制药企业、投资机构能够在此基础上联合研发，形成最终产品，实现产业化生产，将会收到可观的收益。

　　5、原料生产分散，产业化水平不高

　　中药材种植技术和方式仍然落后，基本上以家庭为种植单位，而以家庭为单位的传统农业的生产方式，往往缺乏种植规范和生产规模，缺乏技术和质量保障，难以满足药材生产的特殊要求，直接导致加工企业原料收购困难，收购的中药材质量不稳定，以及农药残留等问题，影响了资源的深加工，制约了产品出口。同时，分散的种植使原料生产成本高，形不成规模，严重制约着中药的产业化和产业链的延伸。
　　当然，中药材种植分散也导致种植产业集中度低，表明这一领域的进入壁垒弱，有实力的公司易于进入中药材种植领域。在实践中，“公司加农户”的生产方式，正在成为投资者在现阶段快速提升产业集中度的有效方式。

　　6、基础理论研究不足，测试手段滞后

　　四川现有的研究机构和企业比较重视新药开发，但在中药制药关键技术研究，基础理论研究等方面较为薄弱。由于中成药的质量标准体系、工艺技术规范等基础研究工作跟不上，使中成药产品的有效性和安全性有待进一步完善，从原料到产品也无严格的可控质量标准，无法对中成药的功效、质量及安全性进行科学的定量测试，使得药品说明书上对有效成分、毒副作用、不良反应的说明往往缺乏，难以保证成品质量严格一致。目前，新发现的上百种中药毒性90%以上来自国外的研究机构，国外先于国内发现中药毒性的后果是限制对中药的进口。
　　在硬件建设方面，现四川省研究中心和实验室较国际通行的GLP标准尚有相当差距，还没有建立起真正符合国际GLP标准的研究中心或实验室，建立符合国际GCP标准的临床试验基地也尚需时日。目前缺乏的也正是机会之所在。投资作者可以考虑在四川建立符合国际标准的GLP/GCP实验室，为其他研发机构构建研发平台，同时利用四川人口优势，通过CRO的规范运作方式，快速完成新药的临床研究，这些都是具有较大利好的投资机会。